墨脱，藏语意为“花朵”。8世纪时曾名为白玛岗，19世纪改地东宗，后迁宗址到墨脱村，易名为墨脱宗（1881年波密王在墨脱设宗）。1927-1931年噶厦政府与波密王之间爆发战争，波密王战败。噶厦政府将墨脱分封给色拉寺、倾多寺和松宗寺，三寺各自建宗，一直延续到西藏和平解放。1959年7月建墨脱县。1964年划归拉萨市管辖。1986年2月划归林芝地区管辖至今。 　　

　　1997年，面积30000平方千米（实际控制面积10000平方千米，20000平方千米仍为印度非法占领），人口0.9万，以门巴族为主，还有珞巴、藏、汉等民族。辖8个乡：墨脱乡、背崩乡、德兴乡、格当乡、旁辛乡、加拉萨乡、达木珞巴族乡、甘登乡。县政府驻墨脱乡。（根据《政区大典》整理） 　

　　墨脱乡（Motuo Xiang）　县政府驻地。1960年墨脱区，1988年改乡。地处雅鲁藏布江下游河谷，人口0.1万。辖墨脱、亚东上、亚东下、亚让、巴日、马迪、米日7个村委会。

　　2000年，墨脱县辖1个镇、7个乡。根据第五次人口普查数据，全县总人口9699人。