雍布拉康传为西藏最早的建筑，最初并非寺院，而是早期雅砻部落首领的宫殿。民间传说云：“宫殿莫早于雍布拉康、国王莫早于聂赤赞普、地方莫早于雅砻”，雍布拉康正是聂赤赞普在雅砻地方建造的宫殿。

　  《西藏王臣记》载：第一代赞普聂赤赞普”下降天梯而步行到赞唐旷四门平原时，被在那里放牧的有才干的苯教徒十二人看见，问他从何而来？他手指着天示意答复，他们了解到他是从天界罚降下来的，也就是说他有资格作藏疆之王，这样他们就用肩头当作他的舆座，把他高高抬起来到市中，由此都称他为聂赤赞普（意为肩座王）”。这与《青史》中所说的赤赞波峨德同是一事。聂赤赞普修建了雍布拉康的时候，他并用口译说出了苯教中的《辛氏之罕嘉法门》。依次，按普巴桑杰加措历算法所说，聂赤赞普是木虎年（公元前127年）来到雅砻的，那么雍布拉康的始建，距今已有两千一百多年的历史。到地二十八代赞普拉妥妥日聂赞当政时，于水蛇年（公元446年）“雍布拉康王宫的宫顶上面，从空中降下来《百拜补证忏悔经》、金塔、《佛说大乘庄严宝王经心要六字真言》、《积达嘛呢法门》等，又从空中发出声音说：‘再传五代，将会知道这些经义’”。拉妥妥日聂赞以后的第五代赞普即松赞干布，据说松赞干布在原来宫殿的两边修建了两层楼的殿堂。殿堂底层为佛殿，二层为法王殿。至此，雍布拉康由宫殿改作寺庙。后来历代都有扩修，逐渐在殿堂西边增建了门厅，南边增建了僧房。五世达赖时在碉楼式建筑上加修了四角攒尖式金顶。十五世纪，宗喀巴弟子克珠顿珠在雍布拉康北七华里处创建了日乌曲林，并开始由该寺管理雍布拉康事务。每年向雍布拉康派喇嘛五名，一年一次轮换，每人年奉十克青稞，直至民主改革前。

　  西藏解放以后，党和政府非常重视文物保护工作，于1962年确定雍布拉康为自治区级文物保护单位，并拨款进行维修。在十年浩劫中，雍布拉康被拆毁，所有塑像、壁画、建筑木构件被破坏无遗，其他文物也都流失，仅剩下残恒断壁。1982年山南地区文管会主持维修雍布拉康，历时两年多，现已经基本恢复了原貌。