桑耶寺的建筑规模宏大，布局奇特，初入寺中，游客也许会被鳞次栉比殿塔林立的奇怪布局所迷惑，但游客如果了解了这些单独建筑所蕴涵的意义和在整个寺庙布局中所起的作用以后，调查表明，大部分的游客会为这座在建筑史上被认为无与伦比的辉煌建筑群所倾倒、所折服。

　  桑耶寺的建筑，据说是仿照古印度婆罗王朝在摩揭陀所建的欧丹达菩黎寺为蓝本而建的，桑耶寺全寺的建筑完全按照佛经中的大干世界布局：中央为世界中心须弥山，由一座藏、汉、天竺三种风格的三层“邬孜大殿”代表，大殿南北又建太阳、月亮两殿，象征宇宙中的日、月双轮，邬孜大殿四个角上分别建有红、白、绿、黑四座佛塔，代表四大天王，大殿四周还均匀分布着4大殿和8小殿，表示四方咸海中的四大部洲和八小洲：寺庙建筑群的外围是一道圆形的围墙所环绕，象征着世界外围的铁圉山。整个寺庙的建筑布局又和密宗的曼荼罗（坛城）有几分相似。

　  在顶层居高四望，东南西北四个方向的分别是江白林、阿雅巴律林、强巴林、桑结林四大部洲，周围可见八小洲、日月殿和白黑绿红四塔星罗拱卫。在大殿正门右前方，寺院自己新修了一座旅馆，大小与四大部洲殿相仿，这是为了方便了旅行者。另外，在这个代表大干世界的小宇宙般的建筑群中，能有一座“属于”旅行者的建筑颇有象征意义，它象征着旅行者和修行者最终的殊途同归。

　  乌策大殿是桑耶寺的主殿，位于全寺的中心地带。大殿坐西向东，高为三层，底为藏式风格，中层为汉式，顶层为印度样式，因此“三样寺”的名称就是由此而来的。大殿和甬道回廊里均绘满了各种题材的壁画。除了一些你在其他寺庙里也能看到的传统的宗教绘画外，在桑耶寺邬孜大殿内围墙中层廊道上有著名的“西藏史”壁画，画中记载了从远古传说的罗刹女与神猴结合繁衍藏族开始，一直到宗喀巴创立格鲁派，止于九世达赖业绩。壁画长92米，洋洋洒洒，恢弘壮丽，被誉为西藏的“绘画史记”。此外在邬孜大殿一层和二层有“桑耶寺史记”，二层的南侧有“莲花生传记”等精美的壁画。在大殿门口左侧，有一块古老的石碑，上面记录了赤松德赞于公元779年发布的正式以佛教为吐蕃国教的敕令。大门正廊上还挂着一口历经千年的唐式古钟，这是西藏历史上铸造的第一口铜钟。据说是为纪念赤松德赞第三妃没卢氏（又有一说叫“菩提氏”），她带领三十名贵族妇女削发出家，成为西藏历史上的第一批尼姑。