古格王国畜牧业发达，周边小国小邦也常起兵来犯掠夺牛羊和财物，但经常都被古格王国军队所击败。如1625年，古格南面的三个邦和加瓦尔王国即斯里那加王联合起来反对古格，发动战争，斯里那加王派兵力分三路侵犯古格，古格守军以少胜多杀伤敌兵三百多人．古格国王墀扎西查巴德亲自率军迎战，把来犯之敌围困在山谷之中，进退两难，最后来犯之敌只好求和退兵。古格王国和西面拉达克之间也经常发生战争，拉达克的军队屡战屡败，拉达克国王森格郎吉也总想找机会报被战败的仇。

　　古格王国对内发展生产，与邻国打仗，都需要人力、财力，但随着藏传佛教势力的扩大，于是国王与佛教首领之间的矛盾日愈尖锐。1618年7月，国王墀扎西查巴德的弟弟、叔父、叔祖等喇嘛首领邀请卫藏的一世班禅来古格讲经说法。班排视察古格期间，尊称古格王叔祖拉尊洛桑意希欧为“法王尊驾”，并任命他为这个王国的精神领袖，当时古格地区的喇嘛僧人约五、六千人。古格王对喇嘛僧人的扩大心怀不满。 自从1624年安夺德神父到达扎布让不久，他就确定了支持和利用基督教，反对和打击藏传佛教的政策，不准任何人干扰传教工作，要人民学习基督教的教义，出资建立教堂和教士住宅，馈赠巨额金币以及常请教士讲经传道，让王后、王子及王室一些人进行了洗礼等一系列行动以外，还极力贬低和讥讽藏传佛教。以往每次国王领兵出征前都由喇嘛首领为他念经和祈福的，安夺德神父来后改请他去诵读福音祈福，如1625年8月安夺德神父第二次回到扎布让，第二天见古格王时，古格王详细告诉神父，古格将进行一场非常危险的战争，他正准备出征，出发那一天，古格王头顶弥撒经本，神父为他诵经，他非常虔诚和尊敬地亲吻了经本。

　　古格王、王后及王室一部分人这种狂热支持基督教，以及传教士们用低毁和反对藏传佛教来宣传基督教的种种行为，必然会引起有悠久历史的藏传佛教势力的强烈反对。古格王叔和王弟向国王提出了劝告，要他放弃支持基督教，回到多年来先辈传下的藏传佛教中来，但古格王对此置若罔闻。于是王弟把国王请到喇嘛寺庙住了两个多月，除了王弟本人给他讲经外，还请了最博学的喇嘛给古格王讲经，使他增加对藏传佛教正确性的认识。此外，王弟还将十四岁的，正在学习基督教义的王子弄到寺院去，找经师给他讲解藏传佛教经典，提高对藏传佛教的感惰和认识王弟的作法使传教士们非常不安，为此安夺德神父想方设法去看望国王，并找机会与喇嘛们进行了多次辩论。在安夺德的劝说下，古格王对安夺德保证，在未与他商量前不做任何事情，于是传教上成了古格王的高级顾问，黄教寺院上层看到他们采取的对策完全失败，于是靠增强佛教力量来保卫自己，特别是扩大招收老百姓入寺为僧，1626年某一天就吸收了120平民为僧。这种扩大僧人的行为，严重威慑了古格王正在进行战争的士兵来源，于是古格王决定采取迫害藏传佛教僧人的一系列行动，没收了喇嘛首领王弟的一些土地和收入，并警告他的弟弟说如果再不悔改广招百姓为僧的做法，就要撤除为他服务的士兵。后来国王把军官派到各地，用世俗者取代喇嘛首领的地方权力，逼迫大部僧人还俗，致使古格地区五、六千喇嘛减少到不足100人，生活在山洞里不愿还俗的僧人和极少数高级僧人被压迫得喘不过气来，但古格毕竟是藏传佛教后宏期“上路宏法”的发祥地，僧人们利用自己的影响进行秘密串联，他们利用古格地区人民厌恶与邻国进行长期战争的惰绪，广泛发动了一般群众，同时还串联了许多地方官员和军队中的军官，伺机起来进行反对古格王、反对传教士及基督教的斗争在1630年乘安夺德返回果阿和古格王墀扎西查巴德患病之机，发动了大规模的武装暴动，反对古格王支持天主教、消灭佛教，并以前者代替后者。

　　由于古格僧人的邀请，拉达克王森格郎吉亲自率兵迅速赶到扎布让，包围古格王住的王宫小山。由于王宫修建在四壁陡峭的山上，有暗道通到东西河边取水，山上的武器，粮食储备克足，城堡坚不可摧，围攻一个多月，因冬季降临包围王宫城堡拉达克军队准备撤退，这时国王的弟弟想出各种方法向古格王劝降，古格王身患重病，又感到国内四面楚歌，大势已去，主动提出议和，表示只要拉达克撤走军队，他就可以交纳贡品。拉达克王要古格王走出城堡，像属臣那样亲自呈交贡品。但当古格王走出城堡后，就被拉达克王将他和他的全家抓获，押送到拉达克的首府列城，投入监狱。古格王的御林军看到古格王、王后及王子等被抓起来，才恍然大悟，知道上当受骗，立即边打边撤退到城堡里，顽强抵抗了一段时间后，才撤出城堡转移到后藏的藏已汗那里去，统治日土地区的古格王亲属也逃到后藏日喀则。拉达克占领了古格王国全镜。拉达克王委派他的儿子英达博蒂郎吉去统治古格。建国近800年古格王国从此灭亡。大清朝统一中国后，并派兵协助藏军抵抗外国入侵者，直到1683年拉达克在侵藏战争中失败，在一项协议中，拉达克才将它占领的古格、日土交给卫藏管辖。